در این نامه آمده است:

بسم الله الرحمن الرحیم
در پی مأموریت به دو هیئت فقهی و حقوقی برای بررسی عمیق و همه جانبه درباره وقف اموال دانشگاه آزاد اسلامی، مجموعه بحث ها و تدقیق در ادله مختلف به این نتیجه قطعی منتهی شد که وقف مزبور دارای اشکالات اساسی فقهی و حقوقی است از جمله، هم به لحاظ مشروعیت وقف مذکور و هم از جهت صلاحیت هیئت محترم موسس در انشاء این وقف. همچنان که مشکل اساسی تحقق قبول مقام ذیصلاح نیز مطرح است، بنابراین وقف مزبور از لحاظ فقهی و حقوقی صحیح نیست.
ضمناً با توجه به ماهیت غیرخصوصی و غیردولتی دانشگاه آزاد اسلامی، لازم است بندهای 5 و 10 مصوبه جدید شورای عالی انقلاب فرهنگی در مورد اساسنامه آن دانشگاه مورد بررسی مجدد قرار گرفته و اصلاح شود.
مراتب به جناب آقای هاشمی رفسنجانی ریاست محترم هیئت موسس و جناب آقای احمدی نژاد ریاست محترم شورای عالی انقلاب فرهنگی ابلاغ شود.
سیدعلی خامنه ای
18/7/89

گفتنی است  شورای عالی انقلاب فرهنگی با تغییر بندهای 5 و 10 ترکیب اعضای هیات امنا را به گونه ای قرار داده بود که نقش هیات موسس در آن به حداقل کاهش یافته و این شورا حق بیشتری برای دخالت در دانشگاه آزاد برای خود قائل شده بود.