وی همچنین به موضوع شکایت احمدی نژاد اشاره و گفته:شکایت دولت از من در 4 بند بوده است. یکی اینکه من گفته‌ام ایشان در ایجاد زمینه فتنه نقش داشته‌اند.دوم اینکه گفته ام در داستان 14 خرداد ایشان موثر بوده و یک برنامه از پیش طراحی شده بوده است. سوم اینکه گفته‌ام ایشان در مسایل فرهنگی لیبرال است و چهارم اینکه گفته‌ام ایشان در برخی موارد قانونگریزی داشته است. اینها را مصداق توهین و افترا و نشر اکاذیب دانسته اند.

خلاصه موارد مطرح شده در  گفت‌وگوی مطهری با هفته نامه یالثارات در ادامه آمده است؛

• مشکل در اصولگرا بودن یا نبودن این دولت است. اگر ما برخی حوزه‌ها را در نظر بگیریم می‌بینیم که در بعضی موارد انحراف در این دولت بیشتر از دولت اصلاحات است.
• در همین حوزه فرهنگ معتقدم که تساهل و تسامح بیشتر از دوره‌های گذشته است.
• نگاهی که دولت به روحانیت دارند، یا احساس خودکفایی در شناخت اسلام که مشاهده می‌شود نظر هیچ‌کس را در این حوزه قبول ندارند.
• مراجع اعتراض می‌کنند، ائمه جمعه اعتراض می‌کنند، نمایندگان مجلس اعتراض می‌کنند، گاهی حتی خود رهبری یک مقصودی دارند و دولت هم می‌داند که مقصود رهبری چیست، با علم به این مطلب، باز می‌بینیم دولت کار خودش را انجام می‌دهد.
•  من معتقدم اگر نقصی هست و انتقادی وارد است بهتر است که خود اصولگرایان زودتر از دیگران مطرح کنند؛ قبل از اینکه اصلاح‌طلبان بگویند و قبل از اینکه افراد غرب‌زده بگویند.
•  اگر یک نقض حقوق بشری در کشور اتفاق می‌افتد، چه بهتر که اصولگراها آن را مطرح کنند، قبل از آنکه امثال خانم شیرین عبادی بخواهند نقدی وارد کنند و حرفی بزنند.
•  آن ایرادهایی که در آن دوره(اصلاحات) وجود داشت که ما به آن اعتراض داشتیم، الان هم برطرف نشده است. نقایص رفع نشده و مسیر همان مسیر است. بلکه در بعضی جاها بارزتر است. اگر فشار برخی گروهها و افکار عمومی نباشد، استعداد دولت در این مسائل بیشتر از اینهاست؛ آسان‌گیرتر هستند.
•  اعتقادشان همین اباحه‌گری است. من فکر می‌کنم اساسا یک تغییری هم در آقای احمدی‌نژاد ایجاد شده است.
•   ایشان وقتی در دانشگاه علم و صنعت بود،جزء آدم‌های حزب‌اللهی که به مسایل حساس است و عکس‌العمل نشان می‌دهد محسوب می شد. ولی بعدا نفهمیدیم چه شد که ایشان افکارش عوض شد.
•  در انتخابات نهم، وقتی ایشان آقای کلهر را به عنوان نماینده فرهنگی خود برای مناظره انتخاب کردند، خیلی چیزها را می‌شد فهمید. شاید ایشان نظرشان تغییر کرده، یا فکر می‌کنند برای رای آوردن نیاز است که اقشار متجدد را هم داشته باشند وباید به عنوان یک سیاست از این روش‌ استفاده کنند.
•  من الان فکر می‌کنم این تغییرات اعتقادی است. مثلا در بحث حجاب اعتقاد دارند که وضع باید به همین منوال باشد. شاید ایشان اعتقاد به حجاب اختیاری داشته باشد.
• آقای احمدی‌نژاد با علم به اینکه اگر رئیس جمهور بیاید و در تلویزیون به اجرای قانون عفاف وحجاب اعتراض کند اوضاع حجاب‌ بدتر می‌شود که شد، چرا این کار را می کند؟
•  آقای مشایی به گونه‌ای اثر گذاشته که برخی عقاید آقای احمدی‌نژاد را تغییر داده و نگاه ایشان را عوض کرده است.
• آقای مشایی در بحث‌هایی که در جلسات شورا با من یا دیگران می‌کنند، خیلی راحت حرفهای خود را می‌زنند. ایشان نظرات ویژه‌ای دارد و از روی اعتقاد هم حرف می‌زند.
•  مطالعات عمیقی در حوزه  اسلام ندارند و مطالعاتشان سطحی است، می‌آیند اظهارنظر می‌کنندو آن وقت تبدیل به این ماجراها می‌شود.
•  آقای مشایی اما از موضع رییس جمهور در مورد حجاب و عفاف دفاع می کرد و رفتار نیروی انتظامی را به رخ می‌کشید و حرف‌های عجیب و غریبی می‌زد.
• مشایی می‌گفت یکی از اقوام آقای احمدی‌نژاد را در خیابان دستگیر کرده‌اند و بعد آن خانم مامور که به این فرد تذکر می‌داده، خودش جوراب نداشته! آقای مشایی می‌گفت خود اینها مشکل دارند. .
• ایشان می‌گفتند بالاخره وقتی شما یک عده خانم و آقای جوان را در ماشین ناجا مامور می‌کنی که از صبح تا عصر بروید برای این کار که موضوعش روابط جنسی است، مشکل آفرین می شود.
•  آقای مشایی شما دارید قیاس به نفس می‌کنید. ثانیا موضوع کارشان عدم روابط جنسی و تقوا است نه روابط جنسی. موضوع کارشان یک امر اخلاقی است.
• مشایی  می‌گفت الان دختر و پسر دست در دست هم در خیابان راه می‌روند. اما سه سال قبل عده‌ای فریاد می‌زدند که وا اسلاما. الان دیگر عادی شده و مردم هم کاری ندارند. اینها مسائل مهمی نیست و نباید سخت‌گیری کنیم.
•  به هر حال من در مجموع این طور می‌فهمیدم که ایشان نظرشان این است که همه چیز را به اختیار خود مردم بگذاریم و دولت در این زمینه‌ها هیچ مسئولیتی ندارد، همان چیزی که در سخنان آقای احمدی ن‍ژاد هم مشاهده می شود.
• من معتقد بودم مقامات وقتی به دادگاه احضار می‌شوند، باید بروند. اینکه آقای رحیمی احضار شده اما آقای احمدی‌نژاد اجازه نمی‌دهد که برود، اشتباه است.
• اول که ایشان در مورد پرونده رحیمی به شدت مقاومت کردند و اجازه ندادند که پرونده بررسی شود. فشار آوردند.
•  من اطلاع جزئی از پرونده رحیمی ندارم؛ ولی از رئیس قوه قضائیه پرسیدم پرونده در چه حدی است، ایشان گفتند: قابل توجه است، تخلفات مهمی است، البته قاضی باید نظر بدهد.
•  یک انحرافی که از سمت دولت استمشام می‌شود این است که گاهی این طور فهمیده می‌شود که از نظر اینها مراجعه به اسلام‌شناسان، روحانیت و ولی فقیه در درجه دوم است. بوی این مطلب می‌آید که انگار باید مستقیم از امام زمان(عج) دستور بگیریم.
•  می‌خواهند ولایت فقیه را دور بزنند. مخصوصا اگر در حرفهایشان دقت کنید تعبیر ولایت فقیه به ندرت به کار می‌رود و بیشتر از واژه ولایت استفاده می‌شود و اگر اینها را کنار هم بگذاریم، آدم شک می‌کند که شاید منظور دیگری دارند.
•  سید حسن خمینی هیچ وقت از موسوی و کروبی طرفداری صریح نکرد و سخنی به زبان نیاورد که حاکی از حمایت از آنها باشد.
• من کلا با این که براساس کارهای اطلاعاتی قضاوت کنیم، مخالفم.