مخالفت آیت‏الله روح‏الله خاتمی مانع از آن نشد که فرزندانش مخفیانه به سینما بروند. چه آنکه محمدرضا و علی که به دیدار محمد خاتمی در دوران تحصیلش در اصفهان رفته بودند، مخفیانه به تماشای فیلم «گدایان تهران» رفتند.

آنگونه که محمدرضا خاتمی که به تازگی از مرز نیم‏قرنی گذشته و 51 ساله شده است، با هفته‎نامه چلچراغ گفت‏وگو کرده است؛ ابوی از این کار مخفیانه مطلع شده و با دو فرزندش برخورد کرده است. بویژه که علی خاتمی 16 سال از محمدرضا بزرگتر بوده. به گفته پسر کوچک خانواده ایت‏الله خاتمی، پدر اصلا سینمای آن دوره را مناسب نمی‌دانست.

او که 35 سال پیش در سن 16 سالگی، اردکان را به مقصد یزد ترک کرده بود تا در دبیرستان ادامه تحصیل دهد، اگرچه به رشته ریاضی علاقه داشت اما از آنجا که دبیرستان یزد این رشته را نداشت ناگزیر از تحصیل در رشته طبیعی و نهایتا پزشکی در دانشگاه تهران شده است اما در حال حاضر از اینکه پزشک است رضایت دارد.

در این گفت‏وگو که متناسب با حال و هوای مخاطبانش، فان است، محمدرضا خاتمی از همراهی فرزندان خواهرش با او در یزد سخن گفته و تقسیم کارهای خانه همچون نظافت و اشپزی با آنها؛ که برای اذیت هم که شده گاهی از مسئول تهیه غذا در ساعت 12 نیمه شب طلب غذا می‏کرده است!

او که همراه خواهر زاده‏هایش بزرگ شده، همچون آنها برادر بزرگترش علی خاتمی را دایی صدا می‏زند و همچنان در مکالمات خصوصی‏اش او را به همین نام می‏خواند.