مرحوم آیت‌الله حاج سید جواد خامنه‌ای در سال ???? در خانواده‌ای روحانی متولد شد. پدر ایشان آیت‌الله حاج سید حسین خامنه‌ای از علمای بزرگ آذربایجان و امام جماعت مسجد جامع تبریز بود.

آقا سید جواد در نوجوانی شاهد وقایع مشروطیت در تبریز بود، مخصوصاً اینکه شوهر خواهرش «شیخ محمد خیابانی» بخش بزرگی از جریان مشروطه خواهی را در تبریز رهبری می‌کرد و به طور بدیهی تمام خانواده را درگیر این جریانات ساخته بود. آقا سید جواد خامنه‌ای تحصیل را در تبریز آغاز نمود و در جوانی سفری به عتبات و سفر دیگری به مشهد کرد و در همین سفر آخر، جذب معنویت و صفای علمای مشهد و هم جواری با حضرت امام رضا(ع) شد و تصمیم به اقامت در مشهد گرفت.

ایشان در مشهد از علمای بزرگی چون آیت‌الله آقازاده خراسانی و آیت‌الله حاج آقا حسین قمی استفاده کرد و سپس به مدت پنج سال برای ادامه تحصیلات دینی به نجف اشرف عزیمت نمود و از درس آیت‌الله العظمی میرزای نائینی و آیت‌الله سید ابوالحسن اصفهانی بهره وافر برد. پس از آن آقا سید جواد به مشهد بازگشت و تا پایان عمر پربرکت خود به وظایف دینی و علمی اشتغال داشت. ایشان پس از بازگشت به مشهد با دختر آیت‌الله حاج سید هاشم میردامادی ازدواج کرد که حاصل این وصلت چهار پسر و یک دختر بود. حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی فرزند دوم ایشان هستند.

آقا سید جواد خامنه‌ای در عین برخورداری از مقامات عالی علمی، وجهه‌ای مردمی و محبوب داشتند و تا آخر عمر در خانه‌ای محقر و البته باصفا زندگی کرد. ایشان سالها در مشهد به تدریس فقه و اصول و اقامه جماعت در مسجد جامع گوهرشاد و مسجد صدیقی‌های بازار بزرگ مشغول بود. رهبر معظم انقلاب در خاطرات خود درباره پدرشان چنین می‌گویند: « پدرم روحانی معروفی بود، اما خیلی پارسا و گوشه گیر. زندگی ما به سختی می‌گذشت. من یادم هست شبهایی اتفاق می‌افتاد که در منزل ما شام نبود، مادرم با زحمت برای ما شام تهیه می‌کرد و آن شام هم نان و کشمش بود.

 آقا سید جواد خامنه‌ای پس از چند ماه نقاهت و ضعف در چنین روزی به لقاء‌الله پیوست و پیکرش در دارالفیض حرم مطهر حضرت امام رضا(ع) دفن گردید.

امام خمینی (ره) در پیام تسلیت خود چنین بیان فرمود: «جناب حجت‌الاسلام حاج سید علی خامنه‌ای رئیس جمهور محترم دامت افاضاته، رحلت والد معظم جنابعالی که عمری با علم و تعهد و تقوا به سر بردند، موجب تاسف گردید. این مصیبت را به جنابعالی و اخوان محترم و خاندان جلیل تسلی گفته، سلامت و موفقیت آن جناب را از خدای تعالی مسئلت دارم. والسلام علیکم و رحمة‌الله. ?? شوال المکرم ???? روح‌الله‌الموسوی‌الخمینی.»